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La baia di San Michele di Pagana è posta al margine settentrionale dell'area interessata dalla zona C dell'Area Marina Protetta del Promontorio di Portofino. L'istituzione di questa zona a protezione naturalistica ha fatto si che nell'area più meridionale del promontorio, compresa tra la Punta del Faro e Punta Chiappa, per le limitazioni imposte alla pesca ed alla navigazione, la vita ricominciasse a prosperare con vigore influendo in maniera positiva anche sulle aree prospicienti.
La baia di San Michele di Pagana, caratterizzata da fondali prevalentemente sabbiosi e con larghe distese di posidonia (Posidonia oceanica), non vanta profondità importanti ma risulta per la maggior parte dell'anno un angolo al riparo dalla navigazione in transito da e verso Portofino. 		Mappa area marina protetta
poseidonia Le praterie di posidonia rappresentano l'habitat ideale per miriadi di piccoli animali che si nascondono e vivono in mezzo alle lunghe foglie di queste piante acquatiche. Alcuni scogli posti sul fondale ad una dozzina di metri di profondità, celano le tane dei datteri di mare (Lithophaga lithophaga), mollusco protetto la cui raccolta nei tempi passati ha comportato la distruzione di intere parti di fondale.
Nelle pieghe della sabbia, a caccia di cibo si nascondono le mormore (Lithognathus mormyrus), nuotano branchi di saraghi (Diplodus sargus), salpe (Sarpa salpa), orate (Sparus aurata) o trovano rifugio tra i sassi i rossi scorfani (Scorpaena scrofa) ed i simpatici ed intelligentissimi polpi (Octopus vulgaris).
Come evidenziato nel volume "Immergersi a Portofino", la biodiversità è la ricchezza dei nostri fondali. Per chi volesse conoscere meglio la vita sottomarina, questo volume, ammesso alla selezione del "31° Festival Mondiale dell'Immagine Sottomarina" di Antibes – Juan-Les-Pins, offre importanti spunti di approfondimento e guida nell'esplorazione delle più belle e rinomate immersioni dell'Area Marina Protetta cercando di instillare nel lettore la curiosità verso le ricchezze degli abissi "nostrani". Non a torto considerata una delle aree più interessanti di tutto il Mar Mediterraneo, la zona di mare prospiciente il promontorio di Portofino, rappresenta terreno di studio da parte dell'Università di Genova, in particolare a San Michele di Pagana proprio per quanto riguarda la salute delle praterie di posidonia: elemento fondamentale del nostro fondale.
Quando fate il bagno sulle nostre spiagge oppure quando usate la vostra barca per fare una gita nelle nostre acque, ricordate sempre di riportare con Voi a terra tutto quello che avete imbarcato alla partenza e di usare gli appostiti contenitori per i rifiuti posti in prossimità dei moli di attracco e nei porti NON GETTATE NIENTE IN MARE; contribuite anche voi a preservare le ricchezze del mare e le bellezze naturali che arricchiscono il "Mare Nostrum". 		Immergersi a Portofino